專案組查辦褚時健嚴重違法違紀案件的過程中，得到了中共中央紀律檢查委員會、全國最高人民檢察院的指導、雲南省委的直接領導及有關部門的協助，始終嚴格遵守反腐敗斗爭服從和服務于經濟工作的總體要求，在保持企業穩定、職工穩定、產品穩定、質量穩定的前提下開展工作。
按照以往的做法，辦案要直接找知情人了解情況，而涉及此案的一些知情人，不少是在褚時健身邊工作的干部。為了不影響生產，減輕對工廠干部的壓力，辦案人員能不去廠里盡量不去，先從外圍了解。對集團的財務、銷售等重要部門的涉案人員，也是有了合格接替人選後才開始審查的。今日的玉溪卷煙廠，機器歡歌，職工歡笑，卷煙飄香，捷報飄飛，一派興旺發達景象。
1996年，玉溪卷煙廠實現工商稅利193億元；
1997年，玉溪卷煙廠在國家計劃減少4萬大箱卷煙的情況下，仍然實現工商利稅193.5億元，比上年增長0.5億元。
同時，通過查辦案件，追回、扣押贓款贓物折合人民幣2.7億元，追回賬外資金11.1億多元人民幣、2500多萬美元，審計後為國家追繳稅費1.7億多元人民幣。
另外，此案還帶出多起涉煙案件，為雲南煙草工業發展挖出了一批蛀蟲。
反腐敗，有力保障了改革開放和經濟建設的順利進行。
只有反腐敗，企業才能迅猛發展。
只有反腐敗，國家才有光明前景。